Génomique : « Booster le progrès sans consanguinité »

Dans le cadre des journées 3R, début décembre à Paris, plusieurs chercheurs et spécialistes de la génétique de l’Institut national de la recherche agronomique (Inra), de l’Unceia, de l’Institut de l’élevage, d’Umotest et du GIE Labogena, ont présenté les résultats d’une étude portant sur les potentialités de la sélection génomique appliquée aux bovins laitiers.

Trois objectifs étaient fixés à cette étude, visant à apprécier l’impact de la sélection génomique sur le progrès génétique, celui de la parenté sur la consanguinité, et à développer un mode d’emploi performant et acceptable. La méthode a consisté en des « simulations d’une grande population de bovins laitiers sur vingt ans, sélectionnée sur l’Isu grâce à des évaluations génomiques », ont expliqué les chercheurs.

Trois scénarios ont été imaginés. Un scénario de référence suivant le programme habituel de contrôle sur descendance ; un scénario d’«accélération maximum » (Axmax) ne faisant appel qu’à de jeunes taureaux sans fille, tous étant utilisés comme père de taureau ; et un scénario mixte (Axmix) d’« accélération modérée » où de jeunes taureaux et des taureaux confirmés sont diffusés et utilisés comme père de taureau. Les chercheurs ont observé que les scénarios Axmax et Axmix « conduisent tous deux à une augmentation très conséquente du progrès génétique annuel (supérieure à 80 %), mais Axmax se montre nettement plus économe de la variabilité génétique ». Les résultats de l’étude donnent en effet, concernant l’augmentation annuelle de consanguinité, moins 23 % pour Axmax et plus 69 % pour Axmix par rapport au scénario de référence. Sur le progrès génétique exprimé en points Isu, Axmax obtient plus 84 % et Axmix plus 88 % par rapport au scénario de référence, soit un peu plus de 9 points Isu tous les deux.

En sélection génomique « il est donc parfaitement possible de « booster » le progrès génétique sans conséquence néfaste pour la consanguinité grâce à l’utilisation plus équilbrée d’un plus grand nombre de reproducteurs », estiment les chercheurs.

Sur la synthèse niveau génétique-consanguinité, « Axmax est le schéma le plus performant », quoique s’avérant « frustrant pour les éleveurs, les techniciens et ingénieurs impliqués dans la sélection ». La raison de cette frustration ? « On passe d’une sélection centrée sur des éléments phare à une sélection de groupe, un peu à l’instar de la sélection avicole ou aquacole. » Toutefois, concluent les chercheurs, « vu les enjeux nous pensons que les sélectionneurs et les éleveurs sauront s’adapter à cette nouvelle culture, en France et dans le monde ».

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