Quel bilan faites-vous du séminaire d’Interbull qui s’est tenu à Paris ?

Dans le court terme, la première question est celle de la confiance à accorder dans le développement par chaque pays de la méthode d’évaluation génomique. La question est : Comment valide-t-on de nouvelles méthodes ? Au cours du séminaire de Paris, la méthode de validation a été définie dans ses principes. En juin, le comité de pilotage d’Interbull arrêtera les seuils de validation. En août ou septembre, les pays qui passeront le seuil participeront à une évaluation-test qui prend en compte les index génomiques. Neuf pays ont déjà envoyé leurs données à Interbull : les quatre d’Eurogenomics, plus le Canada, les États-Unis, le Japon, la Nouvelle-Zélande et la Pologne. Nous retrouverons donc dans l’évaluation-test ceux qui, parmi ces neuf pays, franchissent les seuils de validation d’Interbull.

La précision des index est apparue comme l’un des principaux sujets du séminaire. Qu’en pensez-vous ?

Le gain de précision apporté par la génomique par rapport à la méthode conventionnelle d’évaluation est un point fondamental. Cependant, le calcul de la précision d’un index est plus complexe pour les index génomiques – qui combinent l’ascendance et la lecture des marqueurs – que pour les index conventionnels. Sur ce point tout le monde convient de l’utilité des travaux et des débats au sein d’Interbull. L ’objectif reste que les éleveurs français, comme ceux des autres pays, aient une vision transparente de la valeur de tous les taureaux du monde. Cela sur des critères adaptés à chaque pays, qui mettent les taureaux sur un pied d’égalité quand on les compare les uns par rapport aux autres. La précision de ces index va évoluer avec les outils de génotypage. Jusqu’à présent nous utilisons une puce de 54 000 marqueurs. La société Illumina a présenté une puce de plus de 700 000 marqueurs qui devrait être disponible rapidement. Elle permettra de pratiquer des analyses multiraciales.

La génomique n’en est qu’à ses débuts. Quelles seront les prochaines étapes ?

Beaucoup des avantages potentiels de la sélection génomique ne sont pas encore exploités. Elle peut contribuer à la maîtrise de la consanguinité en détectant des taureaux ou des mères à taureaux dans des lignées originales ; mais aujourd’hui, beaucoup de taureaux génotypés sont issus d’un nombre restreint de pères. En France, la prochaine grande étape sera l’ouverture du service d’indexation génomique aux femelles à travers le consortium Valogène, créé par les entreprises de sélection. Les éleveurs pourront s’adresser à ces entreprises à travers la structure de leur choix – entreprise de mise en place ou de sélection, organisme de conseil en élevage, association d’éleveurs, etc. Cette ouverture renforcera considérablement le poids de la voie femelle dans le progrès génétique du cheptel. On voit aussi que, peu à peu, la plupart des pays vont cesser de tester les taureaux sur la descendance. Enfin, l’Union européenne attend avec impatience les critères de validation que publiera Interbull pour permettre la libre circulation de la semence de taureaux génomiques en Europe.

Typex magazine n°92 - avril/mai 2010 propos recueillis par D.-J. L.